Kомесаријат за избеглице и миграције Републике Србије средствима из буџета финансира велики број пројеката невладиних организација.

Усмерени су најчешће на избеглице са простора СФРЈ и интерно расељена лица са Косова и Метохије. Добијањем надлежности у области азила и реадмисије, Комесаријат део својих средстава издваја и за пројекте невладиног сектора који се баве повратницима по Споразуму о реадмисији и азилантима.

Финансирани пројекти су усмерени ка очувању културног идентитета крајњих корисника, истраживањима од значаја за утврђивање стања и потреба корисничке популације у процесу интеграције и реинтеграције и при остваривању одрживог повратка.

Комесаријат настоји да подржи и програме правне и других видова помоћи, програме унапређења информисаности у областима од значаја за корисничку популацију, као и програме усмерене ка унапређењу положаја избеглица, интерно расељених лица, тражилаца азила или повратника по основу Споразума о реадмисији.

Током 2013. године расписана су  три јавна позива за финансирање програма од значаја за популацију избеглица, интерно расељених лица, тражилаца азила и повратника по основу Споразума о реадмисији. У ту сврху Комесаријат за избеглице и миграције издвојио је 13 милиона динара.