У досадашњем функционисању система управљања миграцијама је уочен недостатак међусобне координације инситуција, а како је истовремено било потребно интензивирати усклађивање националне миграционе политике са ЕУ прописима и политикама, одлучено је да се изради једна кровна стратегија која ће објединити досадашње политике и унапредити оквир за управљање миграцијама. Стратегија за управљање миграцијама ("Службени гласник РС”, број 59/09), усвојена је 23. јула 2009. године и предвиђа успостављање и примену механизама за свеобухватно и трајно праћење токова миграција у Републици Србији, употпуњавање стратешког, правног и институционалног оквира за заједничко управљање миграцијама итварање услова за интеграцију и социјално укључивање миграната. Управљање миграцијама мора бити усклађено са политиком придруживања Европској унији, али и специфичним демографским трендовима и дугорочним потребама развоја Републике Србије.
Крајем 2012. године усвајањем Закона о управљању миграцијама ("Службени гласник РС", број 107/12) успостављен је координисани систем за управљање миграцијама и дефинисани су основни појмови миграција.
Појам управљања миграцијама је дефинисан тако да обухвата процесе:
- прикупљања и анализе података релевантних за управљање миграцијама;
- успостављања јединственог система прикупљања, организовања и размене података;
- утврђивања и предлагања циљева и приоритета миграционе политике;
- предлагања и предузимања мера за спровођење миграционе политике и
- координације органа државне управе који обављају послове везане за управљање миграцијама.
Законом су утврђене нове надлежности Комесаријата за избеглице у области управљања миграцијама. Комесаријат за избеглице установљен Законом о избеглицама наставио је рад под називом Комесаријат за избеглице и миграције у складу са делокругом утврђеним овим и другим законима.
Поред својих претходних надлежности, Комесаријат обавља послове који се односе на:
- прикупљање, обједињавање и анализу података и показатеља за управљање миграцијама;
- предлагање Влади Републике Србије циљева и приоритета миграционе политике, као и мера потребних за постизање позитивних ефеката законитих миграција и сузбијање незаконитих миграција;
- праћење спровођења мера миграционе политике и предлагање пројеката из области управљања миграцијама;
- пружање органима државне управе, аутономне покрајине и јединице локалне самоуправе података од значаја за израду стратешких докумената из области миграција;
- израду годишњег извештаја Влади о стању у области управљања миграцијама;
- извештавање о имиграцији и емиграцији; израду и редовно ажурирање Миграционог профила Републике Србије;
- успостављање јединственог система за прикупљање, организовање и размену података;
- успостављање сарадње са члановима Европске миграционе мреже;
- обуку и оспособљавање лица која обављају послове од значаја за управљање миграцијама, старање о доступности информација од значаја за миграциона питања;
- дефинисање, предлагање и предузимање мера за интеграцију лица којима је, у складу са Законом о азилу признато право на уточиште и реинтеграцију повратника по основу споразума о реадмисији;
- обезбеђивање привременог колективног смештаја повратницима по основу споразума о реадмисији, који нису у могућности да себи обезбеде смештај непосредно по повратку и обезбеђивање стамбеног простора ради привременог смештаја лицима којима је, у складу са Законом о азилу, признато право на уточиште или додељена супсидијарна заштита;
- побољшање услова живота интерно расељених лица док су у расељеништву;
- предлагање програма за развијање система мера према породицама странаца који илегално бораве на територији Републике Србије;
- предлагање програма за подршку добровољног повратка странаца који илегално бораве на територији Републике Србије у земљу њиховог порекла.
Закон о управљању миграцијама обавезује и локалне самоуправе да образују локални савет за миграције као тело које ће на локалном нивоу спроводити миграционе политике. У 128 јединица локалне самоуправе формирани су локални савети за миграције у чијем саставу су представници различитих институција на локалном нивоу од значаја за остваривање права миграната, а у циљу координације активности: општинске управе, полицијске управе, службе за запошљавање, школске управе, поверник за избеглице, здравствени центар, центар за социјални рад, црвени крст и организације цивилног друштва.